百菌清是作物種植期間常用的一種消菌劑，對于防治各種病害起到了很好的作用。然而，隨之百菌清的廣泛使用，各種問題層出不窮。

百菌清使用方法
　　1、水稻稻瘟病的防治防治葉瘟時，田間見發病中心開始噴藥，隔7天再噴1次。防治穗瘟，在水稻破口期和齊穗期各噴藥1次。每次每公頃用75%百菌清可濕性粉劑商品量1500～1900克(有效成分1125～1425克)，加水1050升，攪均勻噴灑。
　　2、水稻紋枯病的防治在病害發生初期或在幼穗形成期至孕穗期噴藥，隔7天后再噴藥1，每次每公頃用75%百菌清可濕性粉劑商品量1500～1900克(有效成分1125～1425克)，加水1050升，攪均勻噴灑，重點噴灑水稻莖部。
　　3、小麥葉銹病和葉斑病的防治在病害發生初期開始噴藥，隔7天噴藥1次，連續噴藥2～3次，每次每公頃用75%百菌清可濕性粉劑商品量1500～1900克(效成分1125～1425克)，加水1050升，攪均勻噴灑。
　　4、花生銹病、褐斑病、黑斑病的防治在病發生初期開始噴藥，每隔7～10天噴藥1次，連續噴藥2～3次。視花生的生長期和病害發展情況再決定是否施藥。每次每公頃用75%百菌清可濕性粉劑商品量1500～1800克(有效成分1125～1350克)，或用40%達科寧懸浮劑商品量1500～2250克(有效成分600～900克)，加水900升攪均勻噴灑。
　　5、黃瓜霜霉病的防治在病害發生前或初期開始噴藥，每隔7天噴藥1次。連續噴藥3～4次，每次每公頃用75%百菌清可濕性粉劑商品量2200~4000克(有效成分1650~3000克)，或用40%達科寧懸浮劑或40%百菌清浮劑懸浮劑商品量2250~2625克(有效成分900~1050克)，加水1125升，攪均勻噴灑，黃瓜苗小時噴液量酌減。大棚黃瓜霜霉病防治可以用百菌清煙劑防治，在病害發生初期點燃放煙熏蒸防治，每次每公頃大棚用10%百菌清煙劑商品量7500～12000克，或20%百菌清煙劑商品量3750～6000克，或30%百菌清煙劑商品量2500～4000克，或45%百菌清煙劑商品量1667～2667克(有效成分750～1200克)點燃熏蒸。也可用5%百菌清粉劑商品量15000～22500克(有效成分750～1125克)噴粉防治，進一步防治視病情發展情況決定。
　　6、番茄早疫病的防治在病害發生初期開始噴藥，每隔7～10天噴藥1次，連續噴藥3～4次，每次每公頃用75%百菌清或大克靈可濕性粉劑商品量2200～4000克(有效成分1650～3000克)，或40%百菌清懸浮劑商品量2250～2625克(有效成分900～1050克)加水1125開，攪均勻噴霧，苗小時噴液量酌減。
　　7、甘藍黑斑病和霜霉病的防治在病害發生初期，氣候條件有利于病害發生時開始噴藥，每隔7～10天噴藥1次，連續噴藥2～3次，每次每公頃用75%百菌清可濕性粉劑商品量1700～2300克(有效成分1275～1725克)，加水900升，攪均勻噴灑。
　　百菌清使用注意要點
　　1、蘋果：謝花20天以內的的幼果不宜用藥，容易產生藥害，蘋果一些黃色品種尤其是金帥品種，用藥后會產生銹斑；
　　2、梨樹：不能葉噴，否則產生藥害；
　　3、桃樹：現花蕾期和謝花后可以使用，幼果期慎用，濃度高時會產生銹斑；
　　4、葡萄：對紅提、青提幼果期有藥害，對一些黃色品種有藥害，會產生銹果，套袋后使用問題不大；巨峰系列有待于試驗驗證?。?！
　　5、花卉：對梅花、玫瑰花容易產生藥害；
　　6、與殺螟松混用桃樹上容易發生藥害；與克螨特、三環錫混用茶樹上容易出現藥害；
　　7、柿、梅對百菌清敏感，不能使用；
　　8、百菌清對魚和蜜蜂的毒性也都較強，因此，百菌清在水田使用要謹慎，也不宜在作物開花期前后使用;
　　9、油類物質可能加重藥害，在混配藥液的時候不宜添加油類助劑，與乳油制劑混配的時候也要小心；
　　10、大量研究發現，大鼠和小鼠長期攝入高劑量的百菌清以后，會有腎臟增生和腎臟上皮瘤的發生，說明百菌清對人還是有一定毒性風險的。因此，百菌清不宜在作物采收前夕（7天以內）高劑量使用。